Napoléon kết hôn với Joséphine de Beauharnais năm 1796, khi ông 26 tuổi; còn bà là một góa phụ 32 tuổi mà người chồng trước bị xử tử trong Cách mạng. Khi bà gặp Bonaparte, bà được biết đến với tên "Rose", một cái tên mà ông không ưa. Ông gọi bà là "Joséphine", và từ đó bà mang tên này. Bonaparte thường gửi các bức thư tình trong các chiến dịch của mình[218]. Ông chính thức thừa nhận con trai riêng của bà Eugène và em họ Stéphanie và sắp xếp các hôn lễ hoàng gia cho họ. Joséphine có một con gái riêng là Hortense, cưới em trai Bonaparte là Louis[219].

Joséphine có nhiều nhân tình, bao gồm một trung úy người Hungary, Hippolyte Charles, trong chiến dịch Ý của Napoléon[220]. Napoléon biết được đầy đủ mức độ mối quan hệ của bà với Charles khi ở Ai Cập, và một bức thư ông viết cho anh trai nói về chủ đề này bị người Anh chặn được. Lá thư xuất hiện trên các báo chí ở Luân Đôn và Paris, gây cho Napoléon nỗi xấu hổ to lớn. Napoléon cũng có những mối quan hệ của riêng mình: trong chiến dịch Ai Cập ông đã chiếm Pauline Bellisle Foures, vợ của một sĩ quan cấp thấp, làm nhân tình của mình[221][chú thích 16].

Trong khi các nhân tình của ông có những đứa con bởi ông, Joséphine không sinh được một người thừa kế, có thể vì hoặc những ám ảnh về sự bắt giam trong Thời kỳ Khủng bố hoặc lần bà từng phá thai ở tuổi 20[223]. Napoléon sau cùng chọn lựa li dị để ông có thể tái hôn để tìm người thừa kế. Tháng Ba 1810, ông cưới Marie Louise, nữ Đại Công tước Áo, và cháu của Marie Antoinette thông qua một đám cưới vắng mặt; do đó ông đã kết hôn với một gia đình đế vương Đức[224].

Họ duy trì hôn nhân cho tới khi ông mất, mặc dù bà không đi đày cùng ông ở Elba và do đó không nhìn thấy chồng lần nữa. Họ có một đứa con, Napoléon Francis Joseph Charles (1811–1832), từ lúc sinh ra đã được phong Vua của người La Mã. Đứa trẻ về sau trở thành Napoléon II năm 1814 và tại vị chỉ hai tuần. Ông hoàng được ban danh hiệu Công tước Reichstadt năm 1818 và chết do bệnh lao ở tuổi 21, mà không có con cái[224].

Napoléon cũng công nhận hai đứa con ngoài giá thú khác: Charles Léon (1806–1881) sinh bởi Eléonore Denuelle de La Plaigne[225] và Bá tước Alexandre Joseph Colonna-Walewski (1810–1868) bởi Nữ bá tước Marie Walewska[225]. Ông có thể có bốn đứa trẻ ngoài giá thú không được thừa nhận nữa, như Karl Eugin von Mühlfeld bởi Victoria Kraus[226]; Hélène Napoleone Bonaparte (1816–1910) bởi Albine de Montholon; và Jules Barthélemy-Saint-Hilaire, người mà mẹ hiện còn chưa rõ[227].